1941年1月皖南事变以后，当月20日中央以华中新四军八路军指挥部重建了新四军军部，任命陈毅为新四军代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。

重建的新四军重新改编为7个师加一个独立旅，不仅没如敌人想象那般覆灭，反而还壮大了不少。重新组建的7个师，平均每个师的兵力差不多都在一万人左右，但也有部分人数比较少了，抛开梁兴初为主的独立旅（该旅下辖6000多人，前身是八路军115师教导第五旅）外，新四军第6师、第7师兵力都不满万人。

其中新四军第7师组建之初只有5000多人，下辖一个旅一个挺进团，可在后来发展的过程中，第7师展现出了超强的韧性，不仅挫败了日伪军的多次阴谋，以第7师为主建立的皖江抗日根据地，更是发展成为我军敌后最富裕的抗日根据地，不仅自身补给充裕，新四军第7师在财政、物资，还要负担对全军的供给。而第7师发展到抗战末期，麾下拥兵已经达到了3万。

相比于其他各个主力师，第7师的发展也有比较多的原因，如所辖地区无大规模的战事，客观上也促进了该部的发展，而新四军各师中，发展遭遇困窘局面的，也就只有新四军第6师。

第6师建立之初下辖两个旅，总兵力接近6000多人，相较于其他各师来看，人数要少一半还多，第6师的组建原本是以新四军江南指挥部下辖各个游击队组建而成的，由于所负责的江南地区的游击作战，该地区属于深入敌后，更兼当地物阜民丰，时常遭遇日伪军的扫荡，作战比较困难。

新四军第6师16旅组建后在旅长罗忠毅的率领下转战苏南地区，罗忠毅是新四军之中一员干将，1927年12月参加宁都起义，后任福建军区作战科科长，身经百战，红军主力长征以后，罗忠毅率领闽西抗日游击队抵抗国民党军军队，抗战全面爆发后，罗忠毅调任新四军第二支队参谋长，江南指挥部参谋长，身经百战。

转战苏南地区以后，罗忠毅不仅要与日伪军作战，还面临国民党军顽军的侵袭。1941年4月罗忠毅率领16旅在黄金山遭遇国民党军第40师几个团的围攻，罗忠毅沉着指挥部队，4天内歼敌四个营，缴获武器弹药无数，极大的壮大了部队，可惜的是由于面临压力过大，这一年11月，18旅在苏南地区遭遇日伪军4000余人围攻，罗忠毅不慎中弹壮烈牺牲。

而第6师下辖的第18旅，在苏南地区历经艰苦的斗争后，1941年10月转移到江北地区开辟根据地，同进入高邮、宝应的第一师所部会和，后来18旅就直接划归了第一师下辖，在划归第一师以后，18旅兼第一军分区，考虑到作战的需要，上级下令要求第一师、第六师指挥机关合并，有粟裕统一指挥，只是对外仍号称是新四军两个师。

事实上从这一时期开始，16、18两个旅都划入了第一师下辖，只是16旅仍在苏南地区坚持斗争，1941年12月底，新四军第一师第2旅南渡长江，同江南的第16旅合并，对外号称第16旅，原本第2旅兼苏中军区第二军分区，第2旅南渡长江后，留在军分区的第2旅部分人员重新组建了军区指挥机构。

1944年12月，为了执行发展东南的战略任务，粟裕率领苏中军区，也就原属第一师的部分部队南下，同江南的第16旅会和，共同建立了苏浙军区，粟裕任苏浙军区司令员，而留在苏中军区的第一师部队则继续兼苏中军区，叶飞调任苏中军区司令员，苏浙军区建立以后，设立了两个军分区，并改编为4个纵队，其中16旅改编为第一纵队，该部后来和苏浙军区第4纵队、苏中军区教导旅合编为新四军第一纵队，后改称华中野战军第6纵队。